Visualiser la géométrie d'une molécule sur un logiciel
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Utiliser des logiciels de représentation moléculaire pour visualiser la géométrie d’une entité.
- Dans un modèle moléculaire numérique, les atomes sont modélisés par des boules qui ont une couleur et une taille spécifiques.
- Il existe les modèles éclatés où les liaisons chimiques sont représentées et les modèles compacts où les liaisons chimiques ne le sont pas.
- Le modèle moléculaire numérique d’une molécule permet de déterminer sa géométrie et permet de visualiser des molécules avec un grand nombre d’atomes.
- La liaison chimique
- Molécule et atome
- La géométrie d’une molécule
Une molécule peut être modélisée à l’aide de logiciels. Ces logiciels permettent de réaliser des vues en 3 dimensions des molécules les plus complexes qui soient, ce qui ne serait pas possible avec de simples modèles moléculaires.
Dans ces modèles, on associe à chaque type d’atome une couleur et une taille spécifique.
Exemples de modèles associés à des atomes
Des molécules comportant plusieurs dizaines d’atomes peuvent ainsi être modélisées.
Modèle 3D éclaté de la molécule de formule C30H23N5O
Les logiciels informatiques s’appuient sur les modèles mathématiques de description de la structure d’une molécule, ce qui permet de réaliser des modèles de molécules complexes qui ne seraient pas accessibles par un calcul numérique à la main.
Parmi les logiciels qui existent sur Internet, on a ici choisi le logiciel MolView car il existe une version gratuite et la prise en main est facile.
La version gratuite se trouve en ligne à l’adresse suivante : molview.org.
Page d’accueil du logiciel
La modélisation s’effectue en plusieurs étapes.
On place les atomes qui composent la molécule et on crée les liaisons chimiques entre les atomes.
Avec MolView, les atomes sont choisis dans la barre d’outils à droite et les liaisons sont choisies dans la barre d’outils à gauche.
On peut faire des liaisons multiples : double ou triple.
Construction d’une molécule
Le logiciel calcule la disposition spatiale des atomes la plus probable dans la réalité, en utilisant des modèles théoriques performants.
Visualisation 3D après optimisation
On peut, grâce au logiciel, voir la molécule sous différents angles, la faire tourner, ou encore zoomer sur des parties de celle-ci.
Rotation de la molécule
Visualisation du nuage électronique
Mesure des distances et des angles
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