Le microbiote humain - Maxicours

Le microbiote humain

Objectifs
  • Connaître la répartition du microbiote dans l’organisme humain.
  • Comprendre la diversité du microbiote humain.
  • Comprendre le principe de symbiose.
Points clés
  • Le microbiote humain est formé en majeure partie de bactéries classées en cinq groupes et de formes diverses. On les retrouve, dans des proportions différentes, partout sur la peau et au niveau des muqueuses : les cavité buccale et nasale et les systèmes respiratoire, digestif, et reproducteur.
  • Il y a entre mille et cent mille milliards de micro-organismes dans le microbiote, soit deux à dix fois plus que de cellules dans notre corps. Dans le tube digestif, cela représente environ deux kilogrammes d’organismes vivants.
  • Le microbiote combat les éléments pathogènes qui s’attaquent au corps humain.
  • Une symbiose se définit comme une association durable et profitable entre deux organismes. Il y a une forte symbiose entre l’Homme et son microbiote.
Pour bien comprendre
  • Les micro-organismes bactériens

Un très grand nombre de bactéries, de champignons et d’autres micro-organismes sont présents sur et dans le corps humain. Ces organismes se retrouvent principalement sur la peau et les muqueuses de notre organisme. La totalité de ces êtres vivants forment le microbiote humain. La plus grande partie de ces micro-organismes est composée de bactéries, majoritairement présentes dans notre tube digestif. Les scientifiques estiment qu’il y a entre mille et cent mille milliards (entre 1012 et 1014) de micro-organismes dans ce dernier. Cela représente environ deux kilogrammes d’organismes vivants présents dans le tube digestif.

1. Localisation et classification du microbiote

Le microbiote est présent sur de nombreuses zones de notre organisme. Au final, en comptant la totalité des individus qui colonisent ainsi notre corps, leur nombre est plus important que le nombre de nos cellules. De plus, le patrimoine génétique de ces derniers est aussi plus important que le nôtre. On retrouve des micro-organismes au niveau de :

  • la cavité buccale,
  •  la cavité nasale et le système respiratoire,
  • la peau,
  • le système digestif,
  • le système reproducteur.

Afin de les différencier plus facilement, ces organismes ont été regroupés dans 5 catégories :

  • les actinobactéries,
  • les fusobactéries,
  • les protéobactéries,
  • les bacteroidetes,
  • les firmicutes.

Les bacteroidetes et les firmicutes sont constitutifs de la flore intestinale. De ce fait, ces bactéries se retrouvent en très grande quantité dans le tube digestif.

La plupart de ces organismes ont des formes variées telles que des coques, des bâtonnets ou bien des spirales. Afin de pouvoir se déplacer dans leur milieu de vie, ils possèdent souvent un flagelle.

2. Le microbiote buccal

Dans la bouche, le microbiote est composé de 10 milliards (1010) de micro-organismes représentant plus de 700 espèces différentes. Candida albicans, Helicobacter pylori, Porphyromonas gingivalis en sont des exemples.

Le rôle du microbiote buccal est de protéger les dents, les gencives ainsi que les muqueuses des attaques de pathogènes provenant du milieu extérieur.

Définition : un pathogène est une structure pouvant entraîner une maladie.

Des produits comme la cigarette ou l’alcool altèrent le microbiote buccal. Des recherches ont notamment mis en évidence qu’un fumeur avait une probabilité quatre fois plus élevée d’être atteint d’une parodontite qu’un non-fumeur.

Définition : une parodontite est une inflammation des tissus permettant le maintien des dents sur la mâchoire.
3. Le microbiote vaginal

Les bactéries du microbiote vaginal sont pour la plupart des lactobacilles. Ces dernières tapissent la muqueuse vaginale et forment la flore de Döderlein. Elles jouent le rôle d’une barrière protectrice vis-à-vis des bactéries pathogènes en maintenant un pH faible dans le vagin.

On retrouve au niveau du microbiote vaginal des champignons comme Candida albicans qui, s’ils se développent de manière trop importante, peuvent provoquer des pathologies.

Il est à noter que même si le microbiote joue un rôle protecteur, il ne peut protéger de toutes les pathologies. Il est donc nécessaire de se protéger lors d’un rapport sexuel en utilisant des préservatifs pour éviter au maximum les infections.

4. Le microbiote nasal

Le microbiote nasal s’étudie au sens large en prenant en compte les bactéries présentes dans les alvéoles pulmonaires, dans les muqueuses de l’arbre respiratoire et dans le nez.

Des études ont permis de mettre en évidence que l’absence de bactéries dans la muqueuse nasale a une influence sur une muqueuse particulière, l’épithélium olfactif : son renouvellement est ralenti et les neurones olfactifs, servant à la reconnaissance des odeurs, subissent des modifications.

Des expériences ont permis de mettre en évidence qu’en fonction du microbiote présent au niveau des muqueuses nasales, le cerveau interprète les odeurs d’une manière différente.

Au delà du lien entre microbiote et odeurs, le microbiote joue un rôle très important dans la protection de l’appareil respiratoire. Le microbiote respiratoire est moins important que le microbiote intestinal, mais il présente une grande diversité. Les scientifiques ont pu mettre en évidence que cette diversité était diminuée chez les fumeurs ou chez les patients souffrant d’une pathologie pulmonaire.

De plus, il existe un lien fort entre le microbiote nasal et l’immunité. Le microbiote permet en effet de tolérer la présence d’allergènes et ainsi de limiter le déclenchement des allergies.

5. Le microbiote intestinal

Le microbiote intestinal est très développé, puisqu’il regroupe à lui seul entre mille et cent mille milliards (entre 1012 et 1014) de micro-organismes, ce qui représente un peu moins de 10 fois le nombre de cellules de l’individu. Le microbiote intestinal est composé de bactéries, de champignons et d’autres micro-organismes. Cette flore intestinale est composée d’environ 1 000 espèces différentes. Le microbiote intestinal est la carte d’identité d’une personne, puisqu’il est propre à chaque individu.

Exemple
Escherichia Coli permet de lutter contre la colonisation par des bactéries pathogènes du tube digestif.
Lactobacillus rhamnosus permet de limiter les diarrhées.

Les scientifiques ont pu mettre en évidence le rôle de Escherichia Coli dans la mise en place du microbiote intestinal du nouveau-né. Cette bactérie favorise l’épaississement de la paroi du tube digestif et stimule la production de mucus afin de permettre un meilleur développement d’autres bactéries. Mais Escherichia coli est plus connue pour les pathologies qu’elle entraîne.

6. Le microbiote de la peau

Le microbiote de la peau, ou microbiote cutané, permet de protéger notre peau des attaques extérieures. Les bactéries composant le microbiote cutané ont une action bactéricide et entrent en compétition dans l’utilisation des nutriments nécessaires à leur développement. Ces deux mécanismes permettent de détruire les bactéries potentiellement pathogènes et invasives. De ce fait, si le microbiote cutané est atteint de dysbiose, des maladies dermatologiques peuvent apparaître.

Définition : une dysbiose est un déséquilibre quantitatif et qualitatif du microbiote.

Ce microbiote agit également sur notre odeur corporelle. Le microbiote cutané est très présent sur les mains, le dos, les jambes et les bras, mais il est absent derrière nos oreilles. Les paramètres physico-chimiques de chacune de ces zones ne sont pas identiques, le microbiote cutané est donc différent d’une zone à l’autre.

7. La symbiose

Le microbiote humain et son hôte, l’Homme, sont en symbiose. Une symbiose se définit comme une association durable et profitable entre deux organismes. Par exemple, au niveau intestinal, le microbiote réalise la digestion des fibres alimentaires qui ont été ingérées. Les bactéries apportent ainsi un avantage à l’organisme, car nos cellules ne savent pas réaliser cette digestion. En retour, les bactéries obtiennent de l’organisme une protection et un accès à la matière organique indispensable à leur développement ainsi qu'à leur multiplication.

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